V.16 - Vergeltung
Mit den gefundenen Prophet Five Dokumenten, zerstreut sich das APO Team in der ganzen Welt um von den verschiedenen Prophet Five Mitgliedern Fotos zu machen. Nachdem sie alle Fotos und Informationen zusammen haben, entscheiden sie sich dazu, alle Mitglieder gleichzeitig zu verhaften. Jack beauftrag Marshall die Aktivitäten der Prophet Five Mitglieder zu verfolgen, damit die Verhaftung koordiniert werden kann.
Währenddessen spricht Sloane mit Sark und Peyton und schlägt vor, dass sie ihre Position bei Prophet Five stärken sollten, damit sie weniger entbehrlich sind. Trotz Peytons anfängliches Zögern, stimmt sie dem zu.
Tom besucht Rachel in ihrer Wohnung. Sie versucht ihm zu trösten und er beugt sich vor, um sie zu küssen. Als Rachel in die Küche geht, verlässt Tom die Wohnung. Später wird Rachel von Sark entführt. Zur gleichen Zeit wird Marshall aus seinem Zuhause entführt und zu Sarks Versteck gebracht. Im Beisein von Peyton, wird Marshall von Sloane aufgefordert, sich in das Regierungssystem einzuhacken und eine Untergrundhöhle ausfindig zu machen. Als Marshall sich weigert, wird er von Peyton gefoltert.
Syd und Jack besuchen Carrie, Marshalls Frau. Sie hat die beiden angerufen, damit sie bei der Suche nach Marshall helfen. Als Sydney ihr gesteht, dass Marshall immer noch für die CIA arbeitet, bietet Carrie sich an, zu helfen. Im APO Büro kann Carrie das Passwort zu Marshalls Programm knacken, mit dem er die Prophet Five Mitglieder verfolgt hat.
Später wird Sydney von Sloane konfrontiert, als sie in einem Parkhaus Isabelle bei sich hat. Sloane fordert sie auf, mit Marshall zu reden, da Marshall nicht nachgibt. Syd sagt Marshall, dass er das machen soll, was Sloane sagt und sie fragt ihn, was sie Carrie ausrichten soll. Er bittet Sydney, dass sie Carrie sagen soll, dass sie das Buch „The Little Fish“ ihrem Sohn zu Ende lesen soll.
Rachel wird in den gleichen Raum gebracht, in dem sich auch Marshall befindet. Marshall sagt ihr, dass er ihre Hilfe braucht, um Sloane Aufforderung erfüllen zu können. Er erklärt der irritierten Rachel, dass er mit Sydney gesprochen hat. Marshall schlägt vor, dass sie im Netzwerk umherspringen müssen, damit niemand bemerkt, dass sie sich in das System eingehackt haben. Damit wollte er Rachel sagen, dass er im Netzwerk bemerkt werden will. So beginnen die beiden, an ihren Laptops zu arbeiten. Später findet Rachel die Höhle, nach der Sloane gesucht hat. Die Höhle befindet sich in der Mitte von Italien.
Vaughn überbringt die Nachricht von Marshall an Carrie. Sie erinnert sich, dass die Hauptfigur in dem Buch “The little Fish” Noah heißt. Sie folgert daraus, dass Marshal die NOAA (National Oceanic and Atmosperic Administration) meint. Mit diesem Hinweis loggt sie sich in das Regierungs-System ein und kann Marshalls Aufenthaltsort ausfindig machen. Sie lokalisiert ihn in Ixtapa und Jack schickt ein Rettungsteam dort hin.
Rachel nimmt den Bügel aus ihrem BH und öffnet damit ihre Handschellen. Marshall und Rachel können flüchten. Gefolgt von Wachen, laufen die Beiden durch einen Flur und werden noch rechtzeitig von dem APO Team gerettet.
Im APO Büro erfährt Jack von Carrie, dass sie mit Hilfe von Marshalls Programm herausgefunden hat, dass sich die Prophet Five Mitglieder in Zürich treffen werden. Jack nimmt an, der Sloane dort die Informationen übermitteln wird, die Marshall und Rachel herausgefunden haben. Rachel findet später heraus, dass Sloane nach Umbria gehen wird. Sydney nimmt an, dass er zum Mount Subasio gehen wird.
Vaughn und Sydney steigen auf den verschneiten Berg. Sydney lässt sich in den eisigen Abgrund einer Höhe abseilen, wo sie dann Slaone mit dem Rambaldi Amulett findet. Als Syd eine Waffe auf ihn hält, sagt Sloane, dass der Schuss die Höhle einstürzen lassen könnte. Derweil aktiviert Sark in Los Angeles eine Bombe.
Im APO Büro berichtet Tom, dass laut den Akten in Sloane Versteck, im U-Bahn System um das APO Büro herum, Bomben platziert sind. Das Büro wird evakuiert, während Tom und Dixon in den Tunneln nach der Bombe suchen. Marshall und Rachel wurden beauftragt, die Zivilisten zu evakuieren. Später findet Tom die Bombe und er berichtet, dass die Bombe nicht demontiert werden kann. Er schlägt vor, den Zeitzünder mit einer flüssigen Nitroverbindung einzufrieren.
Peyton geht nach Zürich und trifft die APO Mitglieder. Sie steht mitten im Raum und man erwartet, dass sie das Amulett präsentieren wird. Peyton öffnet den Koffer und holt zwei halbautomatische Waffen hervor. Sie tötet alle Prophet Five Mitglieder und deren Bodyguards.
Als alle evakuiert sind, wird Tom von Jack gebeten, den Zug zu verlassen und sich in Sicherheit zu begeben. Stattdessen bittet Tom, dass er mit Rachel verbunden wird. Er sagt Rachel, dass wenn sie beide mehr Zeit gehabt hätten, er sie gefragt hätte, mit ihm auszugehen. Als Rachel merkt, dass Tom sich umbringen will, sagt sie ihm unter Tränen, dass sie gerne mit ihm ausgegangen wäre. In dem Moment implodiert das Gebäude.
Sloane hält das Amulett gegen das Licht. Er sagt Sydney, dass sie dies nicht sehen darf und schießt daher auf den eisigen Boden, auf dem sie steht. Der Boden stürzt unter sie ein und sie liegt bewusstlos in dem Abgrund.
