V.12 - Bombe im Kopf
Sloane trifft sich in Minsk mit den Prophet Five Leitern. Im Gegenzug zu Nadias völliger Genesung, erzwingen sie von ihm, dass er dafür sorgt, dass Sydney auf eine Mission geht. Er willigt ein, aber unter der Bedingungen, dass Sydney nicht verletzt wird.
Peyton, die Jacks Anschlag in Vancouver überlebt hat, bittet Anna Espinosa um Hilfe. Später gibt sich Anna als Agentin des Zeugenschutzprogramms aus, um sich Zugang zu Will Tippins Wohung zu verschaffen und entführt ihn.
Bei der APO wird Sydney ein Video von einer Überwachungskamera gezeigt, auf der die Entführung von Will zu sehen ist. Jack und Sloane erwähnen, dass Anna interne Hilfe von Prophet Five habe. Obwohl Sydney von Sloane "gebeten" wird, noch nicht arbeiten zu gehen, ist sie entschlossen, Will zu retten.
An einem versteckten Ort wird Will von Peytons Komplizen Burris eine Bombe in den Nacken injiziert. Derweil erfährt Sydney von Sloane, dass Echelon ein Gespräch zwischen Yerik Semanko und Anna aufgefangen hat. In diesem Gespräch erwähnen sie einen Austausch in einem Moskauer Club, der von der Russischen Mafia geleitet wird. Sydney lässt ihr Baby in der Obhut von "Babysitting" Agenten.
In Moskau kommen Dixon, Rachel und Tom mit Hilfe von Marshall in den Club. Sydney gelangt über das Dach in den Club. Das Team trägt Brillen, die Röntgenbilder zu Marshall senden, um zu erkennen, wer Waffen und viel Geld bei sich trägt. Später flirtet Rachel mit Semanko, während Syndey geschickt eine Wanze an seinem Kragen befestigt. Als sie in den VIP Raum geht und Anna sieht, hört das APO Team jemand zufällig sagen, dass Will im Raum 147 ist.
Syd eilt zu Will und versucht ihn zu befreien. Plötzlich steht Anna ihr gegenüber. Peyton beobachtet den Kamp durch eine Überwachungskamera. Anna schneidet mit einem Messer in Sydneys Arm - daraufhin scannt eine Kamera Sydney ab, um Daten einzufangen.
Im APO Büro, sagt Sydney zu Jack, dass sie es gehasst hat, Will zu sagen, dass Vaughn tot sei. Jack erinnert sie daran, dass Vaughns Sicherheit davon abhängt. Als Will bei Sydney zu Besuch ist, wird ein Alarm ausgelöst. Die "Babysitter" Agenten finden eine Bombe in Wills Kopf. Plötzlich erhält Sydney einen Anruf von Anna.
Anna bittet Sydney um die Seite 47 vom Rambaldis Mauskript als Gegenleistung für die Deaktivierung der Bombe. Syd glaubt nicht, dass die Übergabe dieser Seite, die Sicherheit von Will garantiert. Daher schlägt Marshall vor, dass er ein Gerät bauen kann, dass die Bombenfrequenz aufspüren kann und die Aktivierung der Bombe verhindert. Voraussetzung ist aber, dass Will in der Nähe des Zünders ist.
In einem Zug nach Lisabon wird Sydney von Will gefragt, ob sie seine Brautjungfer bei seiner Hochzeit sein will. Später locken sie sich in das Sicherheitssystem des Zuges ein und finden Anna. Um Will in die Nähe des Auslösers zu bringen, trifft sich Sydney mit Anna für die Übergabe des Rambaldi Manuskripts. Syd gibt ihr die Seite 47, aber Anna bedient den Auslöser und Will Kopf fängt auf einmal an zu piepen. Syd stielt den Auslöser und stoppt den Countdown. Anna entkommt und schließt Sydney in einen Wagon ein. Plötzlich wird Sydney mit einer roten Flüssigkeit eingesprüht. Anna ruft Peyton an und informiert sie darüber, dass Sydneys DNA gesammelt wird.
Will schlägt Anna nieder und befreit Syd. Anna kommt wieder zu Bewusstsein und aktiviert einen anderen Auslöser und wirft diesen aus dem Zug in einem See. Syd und Will springen in den See. Syd findet rechtzeitig den Auslöser, um die Bombe zu deaktivieren. Und wieder einmal hat sie Wills Leben gerettet.
Sloane trifft sich mit Peyton und ihm wird versichert, dass Sydney in keiner Weise verletzt wurde. Im Gegenzug gibt sie Sloane eine Chemikalie, die Nadia das Leben retten könnte. Währenddessen gehen Will und Sydney durch einen Park spazieren, wo Sydney sich für das Chaos, was sie in seinem Leben gebracht hat, entschuldigt. Will versichert ihr, dass es nicht ihr Fehler ist, dass es böse Leute gibt, und dass er besser schläft, weil er weiß, dass es nur eine Sydney gibt, die die Welt sicher machen kann.
In Moskau wird Anna in einen Behälter mit roter Flüssigkeit gebracht. Sie taucht mit Sydneys Gesicht wieder auf.
