I.02 - Neuanfang
Sydney unterrichtet Vaughn über ihre Mission und die Organisationsstruktur von SD-6. In ihrer neuen Rolle als Doppelagent ist Sydney fest entschlossen, SD-6 innerhalb weniger Wochen zu zerstören. Aber CIA Agent Vaughn zeigt ihr, daß SD-6 nicht so klein ist wie sie sich gedacht hatte, sondern sich in über 200 Gruppen und Kontakte erstreckt - und nicht nur das LA Büro, für das sie arbeitet. Eine gedemütigte Sydney akzeptiert, dass es sehr lange dauern wird, sie auszuschalten.
Während des Umzugs in Sydneys neue Wohnung, fragt ihr Freund Will sie nach ihrem letzten Verschwinden und in was Danny verwickelt gewesen sein könnte, das zu seinem Tod geführt hat. Sydney versucht sich rauszureden und bittet Will, weitere Nachforschungen bezüglich Dannys Tod zu unterlassen. Aber Will lässt sich nicht davon abbringen. Später findet er heraus, dass Danny einen Flug nach Singapur gebucht hatte. Er erzählt es Sydney, aber sie kann ihren Schock kaum verbergen.
An ihrem ersten Tag zurück bei SD-6 erhält Sydney Anweisungen von Sloane, nach Moskau zu reisen und einen Handel über gestohlenes russisches Atomwaffenmaterial abzufangen. Anschließend führt Sloane Sydney in sein Büro, wo schon ihr Vater auf sie wartet. Jetzt, da beide unter sich sind, fragt sie ihn nur eine Sache… Wusste er über den Plan bescheid, dass SD-6 ihren Verloben umbringen würde. Später erzählt ihr Jack, dass er für Danny das Ticket nach Singapur gekauft hatte um ihn vor SD-6 zu schützen; aber er kam zu spät.
Vor ihrem Abflug nach Moskau trifft sich Sydney mit Vaughn, um mit ihm ihre Gegenmission abzusprechen: Wenn sie mit der Diskette über die gestohlenen Unterlagen am Flughafen in LA angekommen sein wird, wird sie ihm auf ihrem Weg zum Taxi die Diskette zustecken, er wird sie kopieren und ihr anschließend wieder zurückgeben. In Moskau angekommen, läuft die Übergabe nicht wie vorhergesehen. Das Geld, das für den Kauf der Unterlagen gedacht war entpuppt sich als Falschgeld, und so müssen Sydney und Dixon die Diskette stehlen.
Zurück in LA wird die Diskette wie besprochen von Vaughn am Flughafen kopiert und Sydney zurückgegeben.
Die Informationen die Sloane von der Diskette erhält, deuten darauf hin, dass sich immer noch ein Nuklearer Sprengsatz irgendwo innerhalb der USA befindet. Er schickt Sydney nach Virginia zu einem gewissen Ivanow, um danach zu suchen. Die Adresse, die sie von Sloane bekam ist ein Friedhof, auf dem sich auch ein Grabstein mit der Aufschrift Ivanow befindet. Sie findet die Nuklearwaffe in dem Grab, die aber sofort einen 2 Minuten Countdown startet. In Panik geraten ruft Sydney bei Marshall an, mit dessen Hilfe es ihr schließlich gelingt die Bombe zu entschärfen.
Ein verärgerter Michael Vaughn informiert Sydney, dass SD-6 die Bombe an Ineni Hassan, ein Waffenhändler aus Kairo, verkauft hat. Ohne dass SD-6 davon etwas mitbekommt, fliegt sie nach Kairo, um die Bombe für den CIA zurückzuholen. Währenddessen wird Vaughn von dem Fall Bristow abgezogen, da Devlin, der Chef der CIA, einen erfahreren Agenten an den Fall ansetzten will.
Währenddessen fliegt Sydney nach Kairo. Dort findet sie die Bombe, entschärft sie und nimmt sich den Kern… nur um eine Pistole auf ihren Kopf gerichtet zu finden - und es ist Hassan…
